עבור תהליך הייוצרות המדינה הצ'כית הייתה נוחכותם של תרבויות ודתות שונות באזור לעומת בואם של קירילוס ומותודיוס לא פחות חשובה. אחד מאותם דתות הייתה גם היהדות. לפי המקורות שיש בידי ההיסטריונים, היהודים הגיעו לשטחי צ'כיה של היום ככל הנראה כבר בשלהי המאה ה-10. במקומות רבים מתייחסים להגעתם של היהודים לכאן, אחד מהמקורות הבולטים היא הכרוניקה של קוסמס שחוברה במאה ה-12.
חייהם של היהודים
היהודים בצ'כיה לא התקבלו תמיד בסבר פנים יפות אבל פגיעות ממשיות בהם קרו לרוב כתוצאה ממסעי צלב והפגנות אנטישמיות בחסות הכנסייה הנוצרית. היהודים לרוב יכלו לזכות בחסות או הגנה מסוימת כלפיהם מצד המושל באותה עת רק אם הוא צבר סכום נאה מהמיסים הגבוהים שנגבו מהקהילות היהודיות המקומיות עליהם מלך. עדיין הגנה שכזו לא הייתה מעולם חובתו או אחרייתו המובטחת של המושל. בשנת 1262 נאם המושל פשמיסל אוטקר השני וכינה את היהודים "עבדיו של התא המלכותי" שמשמעותו הייתה שהיהודים מעתה ואילך הינם רכוש כמו כל חפץ אחר. הפגיעות ביהודים זמן רב לאחר מכן לא הופסקו ואף הגיעו לשיאם בליל הפסחא של הנוצרים בשנת 1389 שהפך לפוגרום האינטישמי הגדול ביותר ועקוב בדם רב. באותו היום נרצחו בפראג כשלוש אלף יהודים, מה שהותיר את הגטו היהודי כמעט ריק לגמרי, היות ומספרם של התושבים היהודים בפראג לא עלה מעל ל3 אלף באותה התקופה.
התקופה הרודולפינית
מדובר בתקופה שהחלה בסוף המאה ה-16 עם עלייתו למלכות של הקיסר רודולף השני. אותו קיסר חשוב חיבב מאוד אומנות, מדע והשכלה. בתקופת מלכותו הוא נהג להזמין לחצרו רופאים, מדענים, אלכימאים ואסטרונומים. אותה תקופה מכונה גם כתקופת הזהב של יהודי צ'כיה. הקיסר רודולף השני הזמין אליו גם חכמים יהודים ובנה עימם חברות. הודות לכך היחסים הטובים השתפרו בין המלכות לקהילה היהודית ומצבם של יהודי העיר רק המשיך לשגשג – הקהילה התעשרה, רמת החיים עלתה הגטו היהודי התרחב בשלל מבנים חדשים.
דמויות חשובות
באותה עת, הגטו היהודי היה עשיר באישיות גדולות שעד היום זכורות לנו היטב דרך הרובע היהודי של היום – מאות בשנים. הדמות הגדולה והראשונה שנעלה כאן היא מרדכי מייזל, יהודי עשיר שהיה מנהיג של מועצת העירייה היהודית ושימש גם כחכם בחצרו של הקיסר רודולף. אותו מורדכי מייזל עליו גם קרוי הרחוב מייזל שברובע היהודי, בנה את בית הכנסת מייזל המפואר ושלל מבנים מפוארים אחרים לקהילה המקומית. השני ברשימה הוא רבי יהודיה לוי בן בצלאל המכונה המהרל הקדוש מפראג שבלי אגדת הגולם הקשורה אליו היינו בוודאי מפסידים הרבה מהאווירה המיסטית שקורנת מגג בית הכנסת החדש-ישן. אסור לנו גם לשכוח בשום פנים ואופן את יעקב באשאב. יהודי בנקאי עשיר אותו הקיסר רודולף חיבב וגם המלך פרדיננט השני שמלך אחריו. אותו יעקב חשוב כי היה הוא אחד מהיהודים והתושבים בפראג בכלל שזכו לתואר אצולה שהוענק להם מהמולך המקומי.
התקופה היוזפינית
במחצית המאה ה-18 מצבם של היהודים שוב לא היה טוב ואף החמיר. הקיסרית מריה טרזה ציוותה לגרש את היהודים משטחי הממלכה כולה. למזלם של היהודים, בנה של הקיסרית, הקיסר יוזף השני לא אימץ את דעותיה של אימו ועשה דווקא ההפך ממנה. כחלק ממסגרת הרפורמות של היקסר יוזף השני, הוא שיפר את מצבם של היהודים בעיר. אחת מההטבות הגדולות להם זכו היהודים הייתה הרשות לקבלת השכלה ולימודים בבתי הספר. בנוסף, הורשו היהודים לקנות שטחים ולעסוק במקצועות שעד אז הוסרו עליהם לעסוק בהם. כל אותם צעדים שנמנו אבל לעייל הינם רק אבני דרך ברפורמה הגדולה והמשמעותית מכולם שביצע הקיסר יוזף השני בכדי לייסד שיוון בין התושבים והיא הייתה הפיכת היהודים לאזרחים שווים מן השורה כמו הצ'כים ממש בשנת 1867. אותה רפורמה נתנה ליהודים זכויות דומות ושוות, חופש וזכויות אזרח בסיסיות.
מאוחר יותר במהלך הרפורמה הלאומית הצ'כית שבה נלחמו הצ'כים על שימור השפה הצ'כית והפיכתה לשפה הרשמית במקום הגרמנית החלו היהודים להצהיר על עצמם במשרדי הממשלה כצ'כים, על אף שהצ'כים שנלחמו לטובת הרפורמה העדיפו להשאיר את היהודים כגרמנים.
הנשיא הראשון של הרפובליקה הצ'כית הראשונה תומאס גריק מסריק (קרוי עליו כיכר בתל אביב) נלחם רבות לטובת היהודים ועל מעמדם השווה בחברה. אחת מהדוגמאות הגדולות היא ההילסנריידה. מדובר במאורע בו קבצן יהודי בשם לאופולד הילסנר הואשם ללא כל הוכחה ברצח נערה צעירה. מסריק נלחם בתקשורת ובאנשים שהאשימו את היהודי ללא כל סיבה. לאחר אותו מקרה החלו היהודים כולם לרשום עצמם במשרדים הממשלתיים כצ'כים כמו לכל דבר.
הפגיעה הגדולה ביותר בקהילה היהודית של צ'כיה הביאה עימה מלחמת העולם השנייה, כאן האנטישמיות הגיעה לשיאה. היהודים נזרקו למחנות הרעבה, ריכוז והשמדה שלקחו את חייהם של 80 אלף יהודים צ'כים וסלובקים.
בתום המלחמה, בודדים ששרדו עלו לישראל ארצה או שנפטרו שנים ספורות לאחר מכן. הקהילה היהודית הצ'כית חידשה את פעילותיה. כיום מספר היהודים הרשומים בקהילה הוא כ-3000 איש אך בפראג מתגוררים בהרבה יותר יהודים, מרבית מהם פשוט לא נרשמו או שאיננם מתערבבים הרבה בחיי הדת בעיר