היהודים החלו להתיישב בפראג בכמה איזורים וכפרים. אחת מההתישבויות היהודיות הגדולות בפראג הייתה בשכונת פודסקלי מתחת לוישהראד (מדובר בשכונה שהתקיימה בעבר על הגדה הימנית של נהר הוולאטבה שחוצה את העיר). אומנם, לאחר מכן ההתישבות נהרסה על ידי מסע הצלב הראשון בין השנים 1096 – 1098. התיישבות נוספת אנו יכולים למצוא באיזור של מתחת למצודת פראג. התיישבות יהודית נוספת בעיר שידועה לנו הייתה ככל הנראה לא רחוק מכיכר העיר העתיקה. ההתיישבות האחרונה עלייה אנו יודעים בברור התקיימה באיזור שכונת כיכר הרפובליקה של היום, כפי שמוכיחים ממצאים ארכאולוגים משנת 2006. בועידת לטרנו בשנת 1215 הוכרזו היהודים כרוצחיו של ישו ולכן הוכנסו לגטאות בהם היו מבודדים שנים רבות בפראג. הגטו היהודי בפראג היה קיים משנת 1215 ועד שנת 1781 בה הקיסר יוזף השני החזיר ליהודים את זכויותיהם כאזרחים שווים במדינה באמצעות כתב הסובלנות שכתב והציא לפועל. בשנת 1389 בזמן מלכותו של הקיסר קארל הרביעי (1378-1419), קרה בפראג פוגרום גדול כלפי היהודים. פוגרום שידוע בכינויו "ליל הפסחא העקוב בדם". באותו פוגרום נרצח גם אביו של יהודי גדול בשם אביגדור קארי שמצבתו הינה העתיקה ביותר בבית העלמין היהודי בפראג. חוקה חדשה הביאה ליהודים זכויות אזרח שווים ובסיסיים בשנת 1848, אותה חוקה אושרה גם על ידי חוקה נוספת משנת 1867. לאחר מחצית המאה ה-19 יהודים רבים החלו לעזוב את גטו הרובע היהודי בפראג לעומת פושעים שהחלו להתיישב בו במקומם. ההיגיינה והניקיון בגטו התדרדרה ונדרש לפנות את הרובע מאזרחים ולבצע בו הבראה. במהלך האסניציה של הרובע היהודי בפראג, מבנים רבים ובינהם גם כמה בתי כנסת נהרסו ומתוכם נשארו רק שישה בתי כנסת שעומדים עד היום על תילם והם: בית הכנסת החדש-ישן, בית הכנסת הספרדי, בית הכנסת קלאוס, בית הכנסת פנקס, בית הכנסת מייזל ובית הכנסת הגבוהה, בית הקהילה היהודית ובית העלמין היהודי העתיק. עם הריסתם של בתי כנסת אחרים נפתח המוזיאון היהודי בשנת 1906 בכדי לשמר ולדאוג לתעד את התרבות היהודית של העיר.
